天命四年正月初二，努尔哈赤统军进攻叶赫，代善奉汗父之命，率将十六员、兵五千，于夹哈关、防御明兵。

　　三月初一至初四日，明金（清）之间发生了第一次大决战——萨尔浒之战。此时努尔哈赤已年逾花甲，主要确定用兵方针，至于统兵冲杀，则基本上是由代善负责。三月初一，努尔哈赤决定，首先迎击明西路杜松军。代善奉父命，率诸贝勒大臣统兵前行，至萨尔浒与明军交战，努尔哈赤随后赶到，八旗健儿奋勇冲击，斩杀杜松、王宣、赵梦麟三总兵，消灭了明军主力。三月初二日，转攻明北路军马林部，努尔哈赤告诉代善，要全军“下马徒步应战”。代善刚命令左翼二旗兵士下马，忽然发现明兵冲上前来，他立即向汗父说，不行，明军进攻了，我们要前进。话音刚落，他便果断地策马向前，其他官将兵丁立即跟上，猛攻明军，马林总兵仓惶逃走，北路军又告失败。探子报告，东方发现明军，代善向父奏准，于三月初三日带二十人前往侦察，并赶回都城，告诉捷音，安慰了留在城内的家眷，随即返回与父会合。努尔哈赤叫代善率领大兵前往应战，己则回都坐镇。三月初四日，代善统兵与明勇将刘铤决战于阿布达里岗。一开始，四贝勒皇太极经代善允许，领兵向西冲击，明兵“毫不动摇”，代善便“亲自冲入中路”，明兵“开始动摇败走”，八旗劲旅奋力厮杀，斩刘铤，全歼明东路军。①明南路军李如柏部闻风退回，著名的萨尔浒之战，以后金大胜、明军惨败而结束。在这场关系到爱新觉罗家族生死存亡和后金兴衰的关键战争中，代善又建树了殊勋。

　　天命四年七月二十五日，代善从汗父克铁岭，并大败前来援明的蒙古喀尔喀部斋赛等贝勒的万余联军，生擒威震喀尔喀五部的名酋斋赛等二十位贝勒、台吉。八月二十二日，代善偕二贝勒阿敏、三贝勒莽古尔泰，领兵攻陷叶赫西城，努尔哈赤取东城，灭了叶赫，完成了统一建州、海西女真的大业。由于代善屡建奇功，又是第一个大福晋之子，系诸弟之兄，长期统兵治国，位居四大贝勒之首，拥有正红、镶红二旗，有权有势，威望甚高，因此① 《武皇帝实录》卷2；《明史》卷259《杨镐传》。

　　① 《满文老档·太祖》卷8；《明神宗实录》卷580；王左晋：《三朝辽事实录》卷1、卷2。被努尔哈赤立为太子，具体主管后金军国大政。

　　正当代善被尊为太子满门显贵的时候，一场险些丧身灭门的大祸降临到他的身上。天命五年三月，小福晋代音察向努尔哈赤报告：“大福金曾两次备饭，送与大贝勒，大贝勒受而食之。..大福金一日二、三次遣人至大贝勒家，如此往来，谅有同谋。大福金自身深夜出院，亦已二、三次矣。”言下之意，是指控代善与继母衮代皇后有暧昧关系。努尔哈赤派人进行调查，并未找到确凿可靠的证据，然而他心中对此却深信不疑，因此，以大福金富察氏“窃藏帛缎金银财物甚多为辞”，将衮代皇后逐离，不久另立侧福金阿巴亥为大福金。①代善此次虽未遭贬责，但被这一“讦告”弄得相当尴尬，无法申辩，而且招致汗父不满，政治上受到了严重损害。

　　也就是在五年三月，努尔哈赤处分了富察氏以后，决定从界凡迁至萨尔浒，遂指定建造汗宫和诸贝勒府宅的地点。修完以后，代善两次提出，自己的府宅和长子岳讬的府宅修得很好，请与汗父之宅对换，可是当努尔哈赤同意这一要求后，他又嫌汗宫太小太窄，而不乐意，惹恼了汗父，努尔哈赤带怒宣布，让代善与其诸子住居佳宅。①父子之间的隔阂，又有所扩大。

　　天命五年九月初三日，有人告发代善之次子硕讬、阿敏之弟斋桑古及其妹夫莫洛浑欲逃往明国。十三日，努尔哈赤与诸贝勒议定，“发兵堵截通往明国之路”，当晚从三人家中擒拿，监于狱中。代善向汗父五、六次奏乞当众审理，如硕讬“萌奸宄，行悖乱”，则将亲手斩杀。原来岳讬、硕讬并非叛逃，而是受不了其父代善与继母的肆虐，努尔哈赤了解实情后，于二十日下令释放二人，并叫硕讬自己选择，若不愿随父，“则来依祖父我也”②。这意味着努尔哈赤对代善很不信任，对其虐待岳讬、硕讬，很不满意，可是代善这位曾经屡建奇功、叱咤风云的英雄，却被后妻谗言蒙蔽了眼睛，弄昏了头脑，不但不改过反省，反而硬要将硕托置之于死地，他竟听取后妻谎言，向汗父讦告硕讬与己二妾通奸。经查实，此乃系诬告，努尔哈赤大怒，痛责代善，夺其太子之位和所属部众。九月二十八日，代善手刃后妻，向汗父请罪，受到努尔哈赤宽待③，仍让他领有正红、镶红二旗，为大贝勒，一场政治风暴终于过去了。

　　天命六年二月，根据汗父命令，代善与阿敏、莽古尔泰、皇太极四大贝勒分月值理政事。三月，代善率领正红、镶红二旗兵丁，跟随汗父，攻克沈阳、辽阳。七月，镇江兵民起义，代善奉汗父之命，偕三贝勒莽古尔泰和督堂阿敦，领兵二千，迁移金州沿海居民于复州。九月，代善因阿敦密告皇太极、莽古尔泰和阿济格将欲图害于己，向汗父哭诉，努尔哈赤遂以挑拨罪“逮捕阿敦”并长期监禁。十一月，代善至银库，取银六万六千两，分赐八旗官兵。①天命七年二月，代善与皇太极率正红、镶红、正白三旗，去义州驻防，斩杀义州拒绝降顺的汉兵三千人，又将右屯卫汉民四千五百五十七丁、八千八百六十四人及马、牛、驴三千余匹（头），驱往金州。四月，为示友好亲① 《满文老档·太祖》卷14。