至于官贪吏污、纪纲废弛、赋役不均等，已是积重难返的社会现象，脱脱复相后根本顾不上去治理这些问题。当务之急是解决财政危机和治理黄河。

　　解决财政危机最快的办法是变更钞法。因为从至元后期以来，纸币发行猛增，不断贬值，以后历代大量印钞，到至正年间形成了巨大的压力，再加上伪钞横行，钞法已经败坏不堪。至正十年四月，左司都事武琪建议变钞，吏部尚书偰哲笃支持变钞，并提出了以纸币一贯文省权铜钱一千文为母，而钱为子的方案。脱脱会集中书省、枢密院、御史台及集贤、翰林两院官，进一步商议。会上进行了激烈的争论，集贤大学士兼国子祭酒吕思诚反对最坚决，但遭到了压制，脱脱终于下决心实行变钞。妥欢贴睦尔批准了中书省的变钞方案，下诏曰：朕闻帝王之治，因时制宜，损益之方，在乎通变。惟我世祖皇帝，建元之初，颁行中统交钞，以钱为文，虽鼓铸之规未遑，而钱币兼行之意已具。厥后印造至元宝钞，以一当五，名曰子母相权，而钱实未用。历岁滋久，钞法偏虚，物价腾踊，奸伪日萌，民用匮乏。爱询廷臣，博采舆论，佥谓拯弊必合更张，其以中统交钞壹贯文省权铜钱一千文，准至元宝钞二贯，仍铸至正通宝钱与历代铜钱并用，以实钞法。至元宝钞，通行如故。子母相权，新旧相济，上副世祖立法之初意。（《元史·食货志》）变钞的具体办法是：一，印造“至正交钞”（实际上是用旧日的中统交钞加盖“至正交钞”字样，故又称“至正中统交钞”），新钞一贯合铜钱一千文，或至元宝钞二贯，而至正交钞的价值比至元宝钞提高了一倍，两钞则并行通用。二，发行“至正通宝钱”，与历代旧币通行，使钱钞通行，并以钱来实钞法。

　　至正十一年（1351）新钞与通宝同时发行，结果很快就出现了通货膨胀。“行之未久，物价腾踊，价逾十倍”，“京师料钞十锭（每锭50 贯），易斗粟不可得”，“所在郡县，皆以物货相贸易，公私所积之钞，遂俱不行”（《元史·食货志》）。变钞的最后结果是完全失败。

　　在实行变钞的同时，脱脱决心治理黄河。

　　早在至正八年二月时，元廷于济宁郓城立行都水监，命贾鲁为行都水监使，专治河患。贾鲁经过实地考察、测量地形、绘制地图，提出二策：“其一，议修筑北堤，以制横溃，则用工省；其二，议疏塞并举，挽河东行，使复故道，其功数倍”（《元史·贾鲁传》）。但他的建议未被采纳。九年，脱脱复相后，专门召开治河讨论会，贾鲁以都漕运使身份再次提出自己的治河主张，并进一步强调“必疏南河，塞北河，修复故道。役不大兴，害不能已”（《元史·成遵传》）。脱脱当机立断，取其后策。并不顾工部尚书成遵等抗争，坚定地说：“事有难为，犹疾有难治，自古河患即难治之疾也，今我必欲去其疾！”（《元史·脱脱传》）脱脱明知“此疾难治”，也明知要冒巨大风险，还是坚决地“欲去其疾”；他深知越是不治，越是难治，越难治，饥民、流民问题越严重。脱脱是把治河当作制止“盗贼滋蔓”的重要手段来加以认识的。

　　至正十一年四月初四日，妥欢贴睦尔正式批准治河，下诏中外，命贾鲁为工部尚书、总治河防使，发汴梁、大名13 路民15 万人，庐州（今安徽合肥）等地戍军18 翼2 万人供役。四月二十二日开工，七月完成疏凿工程，八月二十九日放水入故道，九月舟楫通行，并开始堵口工程，十一月十一日，木土工毕，诸埽堵堤建成。整个工程计190 天。贾鲁按照他的疏塞并举、先疏后塞的方案，成功地完成了治河工程。

　　镇压农民起义然而，就在贾鲁治河之时，白莲教主韩山童等抓住时机，凿好独眼石人一个，预先埋于黄陵岗，散布民谣：“石人一只眼，挑动黄河天下反。”五月初，韩山童与刘福通等在颍州颍上（今属安徽）发动起义，元末农民战争爆发。

　　颍上起义爆发后，韩山童虽遭官府捕杀牺牲，刘福通则在占领颍州成功后，迅速进据河南朱皋、罗山、真阳、确山、汝宁、息州、光州等地，众至10 万。同年夏，彭莹玉兵起淮西。八月，邳县人李二（芝麻李）、赵君用、彭大及其子早住等占领徐州；麻城人、铁工邹普胜，罗田人、布贩徐寿辉起兵蕲州（今湖北蕲春南）。十月，徐寿辉克蕲水（今湖北浠水），建立天完政权。十二月，王权（布王三）、张椿等攻占邓州、南阳，称“北琐红军”；十二年正月，孟海马等攻占襄阳（令湖北襄樊），称“南琐红军”。二月，定远人郭子兴等攻占濠州（今安徽凤阳东北）。北、南、西三片地方的红中军几乎同时而起，来势之猛为元廷所料不及。

　　面对这突如其来的暴风骤雨，脱脱的心情是极其复杂的。当初廷臣议论治河时，有人认为中原必乱，脱脱把不同意见者压制下去后，岂料中原果然大乱。于是急忙遣兵镇压，结果事与愿违，起义烈火越扑越旺。所以在议政时，脱脱总是讳言这伤透脑筋的事。一日，妥欢贴睦尔把脱脱召去，怒责之曰：“汝尝言天下太平无事，今红军半宇内，丞相以何策待之？”脱脱汗流浃背，一时竟无言以对。

　　丞相的对策主要有二：一是加紧对汉人、南人的防范。凡议军事，汉人、南人官僚必须回避。一日，脱脱奏事内廷，事关兵权，回头看到中书左丞韩元善、中书参政韩镛随后而来、脱脱立刻命守门人拦阻不得入。于是上奏妥欢贴睦尔：“方今河南汉人反，宜榜示天下，令一概剿捕。诸蒙古色目因迁谪在外者，皆召还京师，勿令诖误。”（《庚申外史》）有一次，中书省吏员抱文牍，题为“谋反事”，送到脱脱处，脱脱视其牍，改题为“河南汉人谋反事”。这两件事说明，在关系到蒙古贵族生死存亡的关键时刻，脱脱仍然要借助民族压迫政策来维护其统治的。二是采取血腥镇压方式。颍州起义爆发后，脱脱曾派枢密院同知赫厮、秃赤率阿速军镇压，结果大败而归；不久又派其弟也先帖木儿等率十余万军进兵河南，结果在沙河不战而溃。脱脱还利用各地的地主武装——义兵来镇压起义军，其中以河南沈丘的察罕帖木儿和罗山的李思齐最为凶狠，对中原红巾军威胁最大。