随着社会秩序的相对稳定，社会经济的发展，封建农奴制经济普遍建立，佛教首先在沿边地区逐步发展，重新兴起的佛教，吸收了吐蕃的原始宗教，① 参看魏良弢：《喀喇汗王朝与宋、辽及高昌回鹘的关系》，载《中亚学刊》第1 辑，1984 年。史称“本教”（“黑教”）的许多特色，因而也缓解了佛教与本教曾经有过的长期斗争，更容易为吐蕃的农奴主和农奴所接受。这种带有吐蕃本教特色的佛教的僧侣，被称为喇嘛，意为“上人”、“上师”，因而也称为喇嘛教，这个与其他地区有别的佛教，西藏佛教史上称之为“后弘期”。

　　吐蕃王朝后裔拉萨王系的意希嘉参（意希坚赞），是山南地区的桑耶寺主、农奴主，在相当于宋太平兴国三年（978）时派人前往多康（今青海西宁地区）学习佛法、求取佛经①，这一年被佛教徒定为后弘期的开始，也是具有吐蕃本教特色的藏传佛教（喇嘛教）的开始。此后所译的佛经（主要是密宗经籍）称为新译，所以，史亦称后弘期为“新经”时代。差不多在同一时期，吐蕃王朝另一支后裔阿里王系的益喜哦（意希沃、松额、智光）是古格地区（今西藏普兰以西）的农奴主、僧侣，他派人前往天竺（今印度）取经学法，邀请天竺僧侣到吐蕃地区传播佛法。西藏佛教史上称为“下路弘法”和“上路弘法”。藏史称下路指东部地区，这里是指前往多康取经求法；上路指西部地区，这里是指古格地区派人前往天竺求取佛法。藏传佛教不久就发展出多个派系。

　　最早的是“噶当派”。“噶”意为佛语，“当”意为教授，堆龙（今堆龙德庆）地方的农奴主仲敦巴·甲哇迥乃（仲敦巴嘉迥乃）邀请天竺僧侣阿底峡（阿底厦）大师讲经传法，他主张显教与密教结合，循序渐进，以佛语作为僧侣修行和行为的准则，他死后，仲敦巴作为大弟子继承并传布他的教法，相当于宋嘉祐元年（1056），建造第一座寺院热振寺（今林周北），作为传教的基地，逐渐形成为藏传佛教第一个教派“噶当派”，噶当派发展很快，成为藏传佛教各派中最大的教派，但政治实力不如后起的萨迦派、噶举派，噶当派的庙宇为白色。明代噶当派教徒宗喀巴创立的格鲁派，因教徒戴黄帽，习称“黄教”，人们因而亦称噶当派为“老黄教”。

　　相当于宋熙宁六年（1073），自称吐蕃王朝贵族昆（款）氏后裔的贡却杰布（衮乔杰布、宝王）在家乡创建了萨迦寺（在今萨加），萨迦意为灰土，据说其地为灰白色土壤，因而取名。寺主由昆氏家族世袭，其子贡噶宁布（衮噶宁保）继承后形成萨迦派，主要宣扬密宗的喜金刚，寺主称“萨勤”，意为萨迦大喇嘛，是为萨迦始祖。庙宇墙上涂有两小幅红、白颜色，一大幅灰色，象征萨迦无上部本尊喜金刚，外观华丽，汉人称之为“花教”。萨迦派是政治势力最强的教派，萨迦四祖贡噶坚赞（衮噶坚赞、功嘉监藏），知识渊博，通晓“五明”（内明、因明、声明、医方明、工巧明），因而被称为萨迦班智达，简称萨班（《元史》称为班弥怛），意为萨迦大博士，是吐蕃地区主要的僧俗代表人物。蒙古乃马真后三年（宋淳祐四年，1244），他受蒙古皇子阔端之召前往凉州（今甘肃武威）。蒙古贵由汗二年（宋淳祐七年，1247）贡噶坚赞进见阔端表示归附，随后向吐蕃地区僧俗宣布，纳里（今阿里地区）、乌思（今前藏地区）、藏（今后藏地区）皆已降附蒙古。蒙古蒙哥汗元年（宋淳祐十一年，1251）贡噶坚赞死于凉州，其侄罗追坚赞贝尔桑（八思巴）继任为萨迦五祖，蒙古中统元年（宋景定元年，1260）受封为蒙古国师，并开始在吐蕃地区建立了在蒙古统治下的萨迦政权。

　　噶举派，噶举意是佛语传承、口传，重视师徒口头传授，是藏传佛教中支系最多的教派。噶举派一开始就分为两个传承体系，一个是由琼布南交（琼① 《宋史》卷492《吐蕃传》，本节引用本传不一一出注。

　　波南交）创立的“香巴噶举”，后在香地（今南木林）建寺传教。后又在山南建桑顶寺（桑定寺、桑丁寺），在今浪卡子南羊卓雍湖南。

　　另一派为“塔布噶举”，创建者塔布拉杰（塔波拉结）原是噶当派僧侣。此前，创始人玛尔巴（玛巴）两赴天竺学习密法回来后传授，弟子米拉日巴（米拉热巴）最为著名，塔布拉杰师从米拉日巴，在相当于宋宣和三年（1121）建造岗布（波）寺（今朗县西北）传教，创立“塔布噶举”派。庙宇为白色，教徒衣服也为白色，汉人称之为“白教”。

　　他的四个门徒又分别创立四个支派，其中最大的支派，为都松钦巴在噶玛建噶玛丹萨寺（在今类乌齐），因而得名的噶玛噶举（噶玛巴）派。相当于宋淳熙十四年（1187），又在逻些城（今拉萨）西堆龙（今堆龙德庆）建粗朴寺（磋卜寺），成为噶玛噶举派主寺。公元13 世纪时，首创了“活佛转世”制度。

　　蔡巴噶举创建者是向蔡巴，后为逻些城东的农奴主噶氏把持，势力很大，噶氏蔡巴是元初十三万户府之一。

　　拔戎噶举曾在拉堆绛（今昂仁境）建立过较小的政教合一的政权，势力较小。

　　帕竹（帕主）噶举，帕竹（帕主）是帕木竹巴（帕摩主巴）的简称，创建者即是帕木竹巴·多吉杰布（意为金刚王），在帕木竹（今桑日县境）建寺（即后来的丹萨替寺），为山南地区的农奴主朗氏家族（在今乃东泽当）控制，势力强大，也是元初十三万户府之一。帕竹噶举还有八小支派，其中重要的有止贡巴（在今墨竹工卡东北直孔）、达垅巴（在今林周）、雅桑巴（在今乃东亚桑）、主巴等。