吐鲁番古代各族人民在与疾病作斗争中，早有成熟的医药（如唐代的《西州续命汤》）。北宋大中祥符六年（1013），高昌回鹘境内龟兹进奉使李延庆等36 人到宋朝献香药。元代畏兀儿人军医月举连赤海牙曾在合州（今四川合川）钓鱼山，“奉命修麴药以疗师疫”③。

　　在宗教信仰方面，高昌回鹘人曾先后信奉摩尼教、佛教和景教，所以回鹘文佛典中有些与摩尼教相混合之处，即将佛教诸神披上摩尼教的神名。至于景教，则与摩尼教几乎同时在高昌流行，但只为少数人所信仰。到元朝时，畏兀儿人景教徒在促使伊利汗国中的蒙古人和欧洲基督教国家的国王相互往来中作出了贡献。

　　② 耿世民：《古代维吾尔语佛教原始剧本〈弥勒会见记〉哈密写本研究》，《文史》第12 辑，中华书局1981 年版。

　　③ 程溯洛：《论敦煌、吐鲁番发现的蒙古国和元时期回鹘文木刻活字和雕版印刷品与我国印刷术西传的关系》，《中国科学技术发明和科学技术人物论集》，三联书店1955 年版。喀喇汗王朝（黑汗王朝）的兴亡公元840（唐开成五年），回鹘从漠北分四支外迁，除一支南下，其他三支西迁，其中最大的一支在汗族成员庞特勤和相馺职的率领下西奔葛逻禄（今阿尔泰山以西地区）。这支西迁回鹘，建牙于巴拉沙衮（今吉尔吉斯斯坦托克马克东），称之为喀喇斡尔朵。这个王朝，国外史学家有的称为阿弗拉西亚勃王朝，有的称为伊利克汗王朝；中国史学家有的称为黑汗王朝，有的称为黑韩王朝；现在史学界通称之为喀喇汗王朝①。

　　喀喇汗王朝在七河地区巩固住地位以后，迅速把领域扩大到喀什噶尔（今新疆喀什）地区。根据喀喇汗王朝史学家阿布杜·加费尔在公元11 世纪写成的《喀什噶尔史》（此书已佚，只有一些片断保存在杰马尔·卡尔希于14世纪写成的《苏拉赫词典补编》中）所记载的传说，喀喇汗王朝创建者的称号为“毗伽阙·卡迪尔汗”。

　　喀喇汗王朝的政治体制是阿尔泰语系各民族古老的习惯法“双王制”，即汗国分为两部分，由汗族中最长者任大可汗，次长者任副可汗，分别统治汗国的一部分。汗位的继承，是传长制，不是嫡承制。大可汗称为阿尔斯兰（突厥语意为“狮子”）喀喇（意为“伟大”、“最高”）可汗，驻巴拉沙衮，以后随着王朝统治民族定居农业文化的发展，多驻喀什噶尔。所以喀什噶尔又称为“斡耳朵坎特”（意为“汗城”）。副可汗称博格拉（意为“公驼”）喀喇可汗，初驻怛逻斯（今哈萨克斯坦的江布尔），中迁喀什噶尔，后又迁回怛逻斯。

　　喀喇汗王朝是历史上第一个接受伊斯兰教的突厥语民族的王朝。据史料记载，10 世纪前期，驻喀什噶尔的博格拉汗萨图克正式接受伊斯兰教。他的儿子阿尔斯兰汗穆萨·阿布杜·克里木把伊斯兰教定为国教，推行到全境。公元960 年（宋建隆元年、辽应历十年），有20 万帐游牧民皈依了伊斯兰教。992 年（宋淳化三年，辽统和十年），博格拉汗哈桑（哈龙）率军占领萨曼王朝的首都蒲华（今乌兹别克斯坦的布哈拉），因染病撤兵，死于返回的途中。999 年（宋咸平二年，辽统和十七年）阿尔斯兰伊利克（意为“狮子王”）纳赛尔再度出兵，几乎完全没有遇到什么抵抗，长驱直入蒲华，灭掉萨曼王朝，河中地区被纳入喀喇汗王朝的版图。11 世纪初①，卡迪尔汗玉素甫攻下于阗（今新疆和田南），灭掉于阗李氏王朝，结束了长达30 多年的所谓“圣战”，把喀喇汗王朝的东部疆界扩大到约昌城（今且末南）以东（今若羌境内）。11 世纪前期，喀喇汗王朝在政治上和军事上达到鼎盛时期。1140 年（西辽康国七年），喀喇汗王朝在河中地区的统治者布里特勤伊卜拉欣脱离东部大可汗的统治而独立，自称桃花石（意为“中国”）·博格拉汗。从此，统一的汗国分裂为东、西两个汗国。东部汗国为哈桑支系统治，首府仍是巴拉沙衮和喀什噶尔。西部为阿里支系统治，首府最初是乌兹根（今吉尔吉斯斯坦的乌支根），不久迁往萨末鞬（今乌兹别克斯坦的撒马尔罕）。后来，西部汗国的汗位也转到哈桑支系手中①。

　　① 《元史》卷135《月举连赤海牙传》。

　　① 参见魏良弢：《关于喀喇汗王朝的起源及其名称》，《历史研究》1982 年第2 期。① 喀喇汗王朝征服于阗李氏的年代是一个比较复杂的问题，诸说不一：992 年，1001 年，1004 年，1006 年，1009 年。今采1006 年说。

　　喀喇汗王朝实行分封制（“伊克塔”制），这导致了统治集团内部为争夺汗位、王位和封地而经常发生内讧和混战，使国力日趋衰弱。1089 年（宋元祐四年、辽大安五年）塞尔柱王朝攻下蒲华，西部喀喇汗王朝从此在政治上成为塞尔柱王朝的附庸；东部喀喇汗王朝在1130 年（西辽耶律大石称帝前一年），也曾一度表示臣服于塞尔柱王朝。1134 年（西辽康国元年），东部喀喇汗王朝大可汗伊卜拉欣同葛逻禄首领和康里首领不和，发生冲突，请求西辽王朝出兵支援。西辽趁机占领巴拉沙衮，作为自己的都城，把东部喀喇汗王朝降为附庸，从此东部喀喇汗王朝的辖地只有喀什噶尔与和田地区。1137年西辽在和毡（今塔吉克斯坦的霍占）击溃西部喀喇汗王朝的军队。1141 年九月九日，塞尔柱王朝与西辽王朝在卡特万草原（萨末鞬以北）上进行了历史上著名的会战。西辽以少胜多，塞尔柱王朝惨败，结果退出了河中地区，西部喀喇汗王朝改换宗主，仍以附庸形式保存下来。后来乃蛮部酋长屈出律篡夺了西辽王朝的统治权，放还东部喀喇汗王朝统治者穆罕默德。1211 年（蒙古成吉思汗六年，西辽天禧三十四年）喀什噶尔的贵族暴动，杀死了这个末代可汗，东部喀喇汗王朝灭亡。次年，即1212 年（蒙古成吉思汗七年），花剌子模沙摩诃末出兵占领萨末鞬，处死西部喀喇汗王朝统治者苏丹奥斯曼，西部喀喇汗王朝也灭亡，河中地区成为花剌子模的疆域。