不久，鉴真个人出钱八十贯买下一条退役的军船，雇用十八名水手，准备各种佛经、佛像、佛具等，连同祥彦、道兴、德清、荣睿、普照、思托等十七人，还有玉作人、画师、雕佛、刻镂、铸写等各种技艺人才八十五人，于天宝二年十二月启程，不料即遇大风，第二次东渡又失败。

　　第三次东渡至舟山群岛附近，再遇大风，船触礁后鉴真一行在荒岛上忍饥受冻三天三夜，后被救至明州（宁波）阿育王寺安歇。

　　第三次东渡失败后，鉴真决定在朝廷不甚注意的福州出发，然而当地僧众出于担心鉴真东渡发生危险的好心，对鉴真看护甚严，并将其行踪报告官府。鉴真在从阿育王寺前往福州的途中被官府追回送至扬州。

　　前四次的失败，并没有改变鉴真的初衷。他在扬州继续准备东渡物资。

　　天宝七载（748）六月二十七日，鉴真僧众、水手等三十人在扬州出发。出长江后遇大风，船在风浪中完全失去了控制，随风浪漂泊，淡水早已用完，人们严重晕船，食物难咽，死亡威胁着每一个人。十一月间，失去驾驭的船在海上一连漂了十四天，终于靠了岸。上岸后才知道，他们到了海南岛的振州，受到当地官民的欢迎。他们留居一年有余。鉴真在那里修寺造佛，登坛授戒。后决定重返扬州，他们从振州出发，经广西、广东的返途中，行至端州（今广东高要）时，荣睿积劳病重，去世。行至韶州（今曲江）时，普照离鉴真北去。荣睿的死，普照的离去，第五次东渡的失败，加之旅途的艰辛，使鉴真的身心受到极大的损害，他感受暑热，眼睛渐渐模糊起来，虽经医治未见好转。至吉州（今江西吉安）时，祥彦又因病去世。祥彦是鉴真最得力的优秀弟子，他最先表态支持东渡，一直追随其左右。如今祥彦的死使六十三岁的鉴真再次受到沉重打击。这一系列打击和挫折并没有吓倒鉴真。相反，东渡的决心更坚定了。天宝十载（751）春，鉴真回到扬州，又着手筹备第六次东渡。

　　天宝十二载（753）十月十五日，日本政府派出由藤原清河大使率领的第十次遣唐使团，从长安返回日本途中经扬州，到延光寺拜访鉴真。藤原清河将邀请鉴真和唐玄宗拒绝鉴真出国一事告诉了鉴真，并希望他自己决定。鉴真当即表示愿意同行，经商量后决定在十月十九日出发。

　　日本使团的来访，引起了扬州僧俗的注意，出于对鉴真安全的考虑，扬州僧众对他看护很严，鉴真无法脱身，眼看十九日就要到了，东渡计划再次受到了考验。

　　正在这时，鉴真弟子仁婺从婺州（浙江金华）来到扬州，听说师傅东渡受阻，十分同情，便决定用自己来时乘坐的船接鉴真离开扬州，到黄泗浦（今张家港西北长江之滨）搭乘日本遣唐使船，开始了第六次东渡。

　　与藤原清河等会合后，又发生了麻烦。广陵郡的地方官已听到鉴真准备渡海去日本的传闻，因此决定检查日本遣唐使船，机警的副使大伴古麻吕秘密将鉴真等安排在自己的船上，躲过众人的注意。不久，在第五次东渡失败后离去的普照也闻讯从阿育王寺赶来。这次遣唐使船同航的有四艘，第一号船是大使藤原清河，第二号船是副使大伴古麻吕，第三号船是副使吉备真备，第四号船是判官布势入主。唐朝僧人除鉴真外，还有法进、义静、昙静、思托、法载、法成等十四人及女尼智首等三人。

　　十一月十六日，四船出发，一路顺风。二十一日第一号、第二号两船到达阿儿奈波岛（日本冲绳），北行至多祢岛（种子岛）西南，遇第三号船，十二月六日，海上又起南风，第一号船在航行中遇难。鉴真所乘的第二号船终于在二十日到达萨摩国阿多郡秋妻屋浦（今鹿儿岛川边郡坊津町秋目）。天宝十二载十二月二十六日（天平胜宝五年，即753 年初），经四十天的海上颠簸，鉴真一行在僧人延庆的引导下进入日本九州的太宰府（今日本福冈）。鉴真一行前后历时十二年，六次启行，五次失败，航海三次，几经绝境。先后有三十六人死于船祸和伤病，二百余人退出东渡行列。只有鉴真笃志不移，百折不挠，终于实现了毕生的宏愿。

　　弘法日本鉴真来到日本的消息，引起了日本朝野的极大震动。天宝十三载一月初十日，朝廷得到大伴古麻吕的报告，知道鉴真已经到达日本。二月一日，鉴真至难波国师乡（今属大阪府）时，受到了先期到达的崇道和日本佛教大师行基弟子法义的热情款待。后住在藤原鱼名的官厅，日本政府特派使者前来迎接慰问，催促鉴真入京。二月四日，向都城平城京（今奈良市）进发。京城僧侣和政府官员早已等候在南闾门前，政府使臣正四位安宿王代表日本政府慰问欢迎。鉴真在众人的簇拥下，穿过市区来到东大寺安歇。东大寺是日本最著名的佛寺，此前一年仿唐建造了一尊五丈三尺高的大佛像。

　　三月的一天，吉备真备代表政府再一次慰问鉴真一行，并传达了圣武太上皇的决定：“自今以后，授戒传律，一任和上。”又授“传灯大师”及“大僧正”的称号。四月初，在鉴真的指导下，东大寺大佛像前筑起了一座戒坛，成为日本举行受戒仪式的主要地点。鉴真首先为天皇授菩萨戒。接着皇后、皇太子登坛受戒。以后澄修等四百余沙弥受菩萨戒。日本名僧灵福、贤璟等八十余僧也重新受具足戒，开创了日本佛教徒登坛受戒的仪式。从此，无论什么人，如果没有经过指定的戒坛受戒，就不能取得僧籍。

　　由于日本僧众要求到东大寺学习的人数日益增多，佛院的经费又不足，有些来者不得不失望而返。天皇知道后，便把备前国（今冈山县）垦田一百町（一町即一公顷）赐给鉴真，后又加赠新田部亲王的一处旧宅。鉴真就在这块宅地上建起了一座新寺院，叫做唐招提寺。原备前国垦田由招提寺经营作为经费。