康熙八年（1669），惩办了鳌拜以后，明珠参与消除鳌拜集团及其影响时，为朝廷提出了一系列新的建议。康熙九年，明珠改任都察院左都御史。康熙十年二月，充经筵讲官。八月，建议停止盐差御史巡历地方之例。十一月，调为兵部尚书。康熙十二年（1672）正月，康熙帝在晾鹰台检阅八旗甲兵。在明珠的指挥下，军容整肃。康熙帝称赞：“此阵列甚善，其永著为令。”②平定三藩清初，平西王吴三桂，平南王尚可喜，靖南王耿精忠并列为“三藩”。

　　在对待“三藩”撤与不撤这个重大问题上，唯有明珠与户部尚书米思翰、刑① 《清史稿》卷118《职官五》。

　　① 《清圣祖实录》卷27。

　　部尚书莫洛等极少数人，坚决主张撤藩，与帝意完全一致。康熙帝认为：“吴、尚等蓄谋已久，今若不及早除之，使其养痈成患，何以善后？况其势已成，不若先发制之可也。”①当吴三桂发动叛乱时，朝廷有些人吓得惊慌失措。大学士索额图等人主张处死倡议撤藩的明珠等人，康熙帝严加拒绝。明珠竭诚效力，积极参与平定三藩叛乱的活动。康熙十九年闰八月，在处理尚之信属下兵丁时，给事中余国柱认为：尚之信标下官兵，应即撤回，三总兵官标下兵丁应予分散。议政王大臣会议认为：尚之信标下官兵应分入上三旗中，令驻广东，另设将军、副将军管辖。三总兵官标下兵丁，有愿为兵者为兵，愿为民者为民。康熙帝则认为：尚之信标下官兵均分八旗，另设将军、副都统管辖，分散其力量，日后或撤或迁比较容易。二总兵标下官兵仍驻广东，归将军管辖。裁去另一总兵标下官兵。他便征求明珠之意如何？明珠主张：尚之信标下官兵共十五佐领，分入上三旗，每一旗五佐领，为数不多，不必分隶八旗。以后若撤回迁移，亦不论旗分调取，有满洲大兵押送，分入上三旗办法可行。康熙帝表示同意：“既如此，不必分入八旗。尔等可改票来奏。”②在处理耿精忠等人时，依照刑律应凌迟处死，其同伙董国瑞等十九人应立斩。明珠上奏：“耿精忠之罪，较尚之信尤为重大。尚之信不过纵酒行凶，口出妄言；耿精忠深负国恩，擅自称帝，且与安亲王内多有狂悖之语，甚为可恶。”随后又奏：“此内有陈梦雷、金镜、田起蛟、李学诗四人，犯罪固应处死，然于应死之中，尚有可宥之处。”①康熙帝命议政王大臣会议集议。于是陈梦雷等四人，免死，给与披甲新满洲为奴。

　　三藩之乱的平定，巩固了清朝在全国范围内的统治，维护了全国的统一，在此期间，明珠的工作是有积极意义的。

　　康熙十四年，明珠调任吏部尚书，十六年，晋升武英殿大学士。从此明珠与索额图势均力敌，共理朝政。到康熙十九年索额图解任，由明珠一人佐理朝政，一直延续到康熙二十七年。在这九年时间里，恰值清朝承“三藩”之乱后恢复经济，明珠发挥了他的政治才能。

　　收复台湾平定“三藩”叛乱以后，康熙帝开始解决台湾问题。康熙二十一年（1682），福建水师提督施琅奏请自行进剿台湾。康熙帝征询大臣意见，明珠认为：“若以一人领兵进剿，可得其志。两人同往，则未免彼此掣肘，不便于行事。照议政王所请，不必令姚启圣同往，着施琅一人进兵，似乎可行。”②明珠进一步指出当时的形势：“郑经已死，贼无渠魁，势必衰微。”康熙帝同意明珠对形势的分析，表示“施琅相机自行进剿，极为合宜”①。施琅攻占台湾后，便疏陈善后意见：台湾有地数千里，人民十万，其地十分重要，如果放弃，必为外国占据，奸宄之徒可能窜匿其中，应该设官兵防守。康熙帝认为：不① 昭梿：《啸亭杂录》卷1。

　　② 《康熙起居注》康熙十九年闰八月。

　　① 《康熙起居注》康熙二十一年正月。

　　② 《康熙起居注》康熙二十一年十月。

　　① 《康熙起居注》康熙二十一年十月。

　　能弃而不守，但镇守之官三年一易，亦非至当之策。于是命议政王大臣会议。明珠代表议政王大臣奏报：施琅请守已得之地，设兵防守为宜；郑克塽、刘国轩、冯锡范、陈允华等头目及近族家人，不便安置在外省，应带来编入旗下。康熙帝表示同意。②明珠还上奏：施琅之功实大，应加封为侯，授为将军，其属下官兵应加等议叙。康熙帝认为“此议甚当，即依行”③。在统一台湾的战争中，明珠是康熙帝的得力助手。

　　治理黄河治理黄河是清朝的一项重要政务。康熙二十一年，萧家渡决口，工部尚书请令河道总督靳辅培修，遭到康熙帝拒绝。明珠极力推荐靳辅参与治河事宜。他说：“靳辅历任既久，所见必真”，应令来京会议。次年，河水复归旧道，康熙帝甚为赞赏。明珠说：“河道既深，挽运无阻，往来商贾皆得通行，真国家之福。”④康熙二十四年十月，靳辅提出治黄河方案：挑濬高、宝等七州县下河，引水入海，又筑高家堰堤岸，修整黄河两堤。康熙帝征求明珠意见？他回答说：“臣等意谓，最宜修治，但钱粮陆续给与，似为有益。”⑤十一月，在会议治河时，为防止海水倒灌，靳辅主张开大河，建长堤，高一丈五尺，束水一丈，以敌海潮。于成龙则主张开濬故道。明珠赞成靳辅治河方案，上奏：“于成龙居官虽清，但河工事宜，未能阅历。靳辅久任河务，已有成效，似应从靳辅之议。”王熙认为：“于成龙所议是一旧说，乃照明朝河臣潘季训《河防一览》之法。靳辅所议是一创建之策。”①以后康熙帝听信汤斌所言，赞成于成龙治河方案，而靳辅主张未能施行。康熙二十七年（1688），明珠被劾与靳辅结党。靳辅被免职离任。