丹兴兵作乱，深为不满，认为他的被杀实属罪有应得，遂立即派专人于康熙四十五年底动身赴西藏，封拉藏汗为“翊法恭顺汗”，下令废黜仓央嘉措①。同年，达赖六世在解送北京途中，死在青海湖附近。

　　康熙四十八年（1709），清廷派侍郎赫寿入藏，协同拉藏汗办理西藏事务。这是清朝入关六十多年后，首次派出驻藏办事官员。随后，清廷又于五十二年册封班禅五世·罗桑意希为“班禅额尔德尼”②。这是班禅活佛转世系统受到中央政权正式册封的开端，班禅的地位从此被正式确定了下来。仓央嘉措被废黜后，拉藏汗另立意希嘉措为达赖六世，并于康熙四十九年得到清朝的批准。但是他新立的达赖却得不到绝大多数西藏僧俗人民的认可，甚至同为固始汗子孙的和硕特部在青海的诸领袖人物也不予承认。

　　康熙五十四年，西藏三大寺的上层喇嘛与青海和硕特部王公在里塘（今四川理塘）寻获仓央嘉措的转世灵童，即后来的达赖七世·格桑嘉措。一个仓央嘉措被废，却出了两个达赖喇嘛。双方的拥立者彼此争执不下，康熙帝一时亦觉棘手，先是令里塘的灵童到青海的红山寺居住，后来又转移到塔尔寺，在那里把他保护起来。

　　此时，西藏的形势更加动荡。三大寺的僧人和藏族群众对以拉藏汗为首的蒙古和硕特部的统治十分不满，原来桑结嘉错的部属中有的人投奔到准噶尔部汗策妄阿拉布坦处。

　　策妄阿拉布坦是噶尔丹之侄。噶尔丹兴兵与清朝为敌时，他即自立为准噶尔汗，表面上维持着与清朝的臣属关系。到十八世纪初，他的势力强大起来，企图吞并和硕特部，取代其在西藏的统治，进而挟持达赖喇嘛，以控制信奉黄教的蒙古诸部。拉藏汗擒杀桑结嘉错，西藏因达赖喇嘛的废立，人心浮动，形势不稳，正好为实现他的野心提供了机会。

　　准噶尔军袭扰西藏策妄阿拉布坦用了几年的时间进行侵藏的准备。他先与拉藏汗结成儿女亲家（1714 年），使拉藏汗疏于防范。在此前后，策妄阿拉布坦派人入藏，与三大寺僧人联系，利用拉藏汗所立的意希嘉措得不到广大西藏僧俗人民的公认，大肆宣传拉藏汗破坏黄教，煽动反抗和硕特部统治的情绪。

　　康熙五十五年（1716），策妄阿拉布坦首先派出一支三百人的队伍偷袭塔尔寺，企图挟持受到蒙藏人民公认的达赖七世·格桑嘉措随准噶尔军进藏。同年年底，派其堂弟策零敦多布率六千人自和阗（今新疆和田）经阿里地区向藏北进发。当这支军队经过阿里时，被阿里地方官康济鼐发现，当即向拉藏汗报告。但拉藏汗毫无思想准备，及至他率军赶到达木，与准军遭遇① 《清圣祖实录》卷227，页24、25。

　　② 《清圣祖实录》卷253，页7。

　　后，当即被准军打败。此时，拉藏汗一面派人奏报康熙帝，一面派他手下的一名军官颇罗鼐从速动员卫藏民兵，由拉萨赶往达木。拉藏汗统率的蒙藏联军在达木坚持了两个月，终于支持不住，败退到拉萨。

　　策零敦多布攻占达木后，稍事休整，于康熙五十六年（1717）十月率军抵达拉萨郊外，受到三大寺僧人的欢迎。接着，准噶尔军开始攻城。因为城内有人接应，拉萨城很快失陷。准噶尔军进城后，洗劫拉萨市民的财物，就是曾经帮助过他们的人也不能幸免。藏族人民此时方知准噶尔军入藏，并不是为了“振兴黄教”。

　　拉藏汗在准噶尔军入城后固守布达拉宫。十一月初，他率一随从突围，被准军擒杀。他所立的达赖喇嘛意希嘉措被准军废黜，囚禁在布达拉宫对面的药王山上。

　　直到康熙五十七年初，拉藏汗次子苏尔扎之妻在被准军解往伊犁的途中逃到青海的柴达木，向清朝官员作了报告之后，康熙帝才了解到这次准噶尔部侵藏的详情。他立即决定派军入藏，驱逐准噶尔军队。同年七月，命额伦特、色楞自青海率军七千入藏。但由于两人轻敌，在藏北那曲被策零敦多布的军队包围，坚持月余后，终因给养断绝而全军覆没。

　　消息传来，朝廷上下震惊。诸王大臣以藏地险远，主张罢兵。康熙帝力排众议，坚持二次用兵。此次进军西藏，事先作了周密的部署，兵分两路，分别自青海、四川出发。四川一路，由噶尔弼、岳钟琪率领；青海一路，由延信率领，而以康熙帝第十四子允禵为抚远大将军，坐镇西宁。两路兵力大约有两万人。康熙帝还令北路军于进军同时，护送格桑嘉措入藏。行前，正式册封格桑嘉措为“弘法觉众第六世达赖喇嘛”①。

　　策零敦多布以主要兵力抵抗北路进藏的清军。康熙五十九年八月，延信率军在达木一带与准噶尔军相遇，准军在大败以后逃回伊犁。噶尔弼等率南路军，未遇大的抵抗，于八月先抵拉萨。九月初，北路军统帅延信偕同达赖喇嘛·格桑嘉措也到达拉萨。藏族人民三年来受尽准军的蹂躏，对清军的到来表示了热烈的拥护和欢迎。在清军进藏过程中，各地藏族人民纷纷起义抗击准军，其中阿里的康济鼐、后藏的颇罗鼐、工布的阿尔布巴是几支较大的力量。在清军进军沿途的藏族人民，更是积极踊跃地为清军向导、运输，作出了巨大的努力。

　　清军驱逐准噶尔军，进入拉萨后，在布达拉宫举行了格桑嘉措的坐床典礼。如前所述，清朝封格桑嘉措为达赖六世，但藏族人民一直认为他是达赖六世·仓央嘉措的转世，是第七世达赖。后来，清朝虽未作公开改正，但在事实上默认了格桑嘉措是达赖七世。

　　康熙六十年（1721）春，清朝决定改革西藏的行政体制，委任数名噶伦共同处理政务。“噶伦”意为“发布命令的官员”，当时清朝任命抗击准军① 《清圣祖实录》卷287，页12。