旗下设佐，为基本军事单位，每佐设佐领一人，辖旗丁一百五十人，在旗札萨克领导下，审理丁册，征收税课，排解纠纷，传递信件及征发人伕。佐领之下设骁骑校、领催，协助佐领办理军政事务。每六佐复设一参领统辖。在佐之下，每十户设一什长，为最低一级行政单位的管理人。

　　除总管旗、札萨克旗外，清政府还在大寺庙的领地，共建有七个喇嘛旗。这些喇嘛旗与札萨克旗平行，不受其干预，自行管理领地内之行政、司法、税收事宜。

　　清统治者为了不使旗札萨克享有独立权力，订出会盟制度，在旗之上设盟，合数旗而成。有的盟是在原有部的基础上建立的，有的盟包括数部，有的盟只包括一旗，也有少数旗不在其上设盟，而直辖于将军、大臣等。而蒙古旧有的部，只在名义上保存下来，不具有任何行政职能。会盟地点由清政府指定，通常是在便于各旗集会的适中地点，一经确定，即以该地名作为盟的名称。

　　每盟设盟长一人，副盟长一人，由理藩院于盟内各旗札萨克中选人奏清帝任命兼摄。盟不是一级行政机构，只是一种实行监督的组织，一般不设办理盟务的衙门。规定每三年会盟一次，届时执行比丁、练兵、检查财务、清理民刑案件等职权。盟并不构成蒙古最高一级的行政机构，盟长的主要任务是充当会盟的召集人，不能直接干预各旗内部事务，也无权擅自发布政令，只是对各旗札萨克起监督作用，并充当旗札萨克与清政府的中间人。遇有旗札萨克不能解决的民刑案件，可会同审理，札萨克有不法或叛逆行为，有责任随时告发，战时则带领所属各旗兵丁应诏出征。

　　蒙古的盟旗并非独立自主的政治制度，都直接受中央政权的统辖和节制，履行清廷委付的职责，不享有独立处理本盟旗各项事务的权力。在盟旗之上，一切重大军政事宜的最高裁决权属于理藩院，而地方性的重大事件，则报有关地区的将军、都统和大臣会办。

　　社会阶级清朝所制定的各种制度，并没有改变蒙古社会的阶级结构和剥削关系，封建主和牧民仍然是社会中的两个基本阶级。

　　蒙古归并清朝后，在建旗设盟过程中，基本取消了蒙古封建主原来享有的济农、诺颜、太师、宰桑等称号，按原来地位的高低及对清朝的效忠程度和功劳大小，分别被授以亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、辅国公、四等台吉和塔布囊等爵位。担任旗札萨克现职的为札萨克王公，不担任现职的为闲散王公。他们仍然是蒙古社会中居统治地位的阶级，领取岁俸和人丁，拥有众多畜群，掌握牧场支配权，对领地内属民有不完全的占有权，并通过对土地的支配权，对牧民进行封建剥削。

　　除世俗封建主外，喇嘛上层也形成另一僧侣封建主阶级。驻库伦的哲布尊丹巴是外蒙的最高宗教领袖；驻多伦诺尔汇宗寺的章嘉呼图克图，掌管内蒙各寺庙。此外还有许多活佛享有国师、禅师封号。其次是寺庙主持，以下还有札萨克达喇嘛、副札萨克达喇嘛、札萨克喇嘛、达喇嘛、副达喇嘛、苏拉喇嘛等。他们享有清朝赋予的各种特权，拥有牧奴——沙比那尔（庙丁），操纵寺庙财产，某些寺庙甚至建立沙比衙门，对喇嘛徒众进行审讯和惩处。隶属于蒙古封建主的阿勒巴图（贡民）是牧民中人数最多的阶层，承担繁重的赋役。他们必须无条件地服兵役，自带马匹、武器和口粮应征从军。还须负担防守卡伦（哨所）的义务，驻防期少则一季半年，多至数年，而且要自谋生计。驿递是对阿勒巴图最沉重的负担，他们充当乌拉齐（站丁），既要承担驿递的劳役，又要无偿供应往来官员和军人的食宿，还要蒙受种种无限制的需索。此外，阿勒巴图还负担盟旗衙门的差役、开支和官员的供养，无偿地为皇室专有的牧群和马厂放牧，甚至蒙古封建主向清廷进献的贡品，去北京的旅费也无不落在阿勒巴图身上。与此同时，阿勒巴图还要向领主服贡役，包括实物税和劳役两种。当封建主有进贡、会盟、移营、嫁娶等事时，还随时向属下征敛，甚至封建主欠下债务也得由阿勒巴图来偿还。

　　阿勒巴图可担任管旗章京以下旗佐官职，任职者被免除赋役，并拥有随丁，逐渐形成富牧户，成为“额尔和坦”阶层。还有一部分人因功被豁免赋役，称为“达尔哈坦”。他们都拥有较多牲畜，甚至家奴，并对一般牧民进行剥削，构成阿勒巴图中的特殊阶层。

　　阿勒巴图中的一部分被拨给封建主役使，称作“哈木济勒嘎”（随丁）。王公、台吉的随丁终身为主人服役，称“随人箭丁”；管旗章京等的随丁，仅在主人任职期间受役使，离职仍退回本旗佐，故称“随缺箭丁”。随丁专供主人役使，或在王府中当差，或在主人牧场上放牧，全部收入归主人，主人甚至可将他们出卖或馈赠他人，其地位比一般阿勒巴图还低。

　　沙比那尔是喇嘛封建主的牧奴，专供寺院封建主役使，从事各种劳役，维持寺院和喇嘛上层的生活，寺院的一切负担都落在沙比那尔身上。

　　奴隶来自战俘，也有因犯罪被籍没为奴的，他们世代受主人剥削，处境最悲惨。

　　蒙古社会严密的封建等级制度和牧民各阶层的划分，都是清朝维护蒙古牧奴制的一种手段，使蒙古族永远处于其所安排的封建秩序中，以便清朝进行长期统治。

　　经济生活在清朝统一的国家内，蒙古地区形成相对和平安定局面，加强了与全国各地的经济交流，使原来占支配地位的单一游牧经济，发展为以牧业为主，兼有农业、手工业、商业的多种经济结构。