十一月，冉天元率领的起义军由川北巴山老林向西挺进到苍溪境内，与紧迫不舍的额勒登保发生了激战。冉天元利用居高临下的有利地形，巧布埋伏，并集中全力猛攻额勒登保的中营，“血战竟夜”①，杀死了清军的副将以下二十四名、兵士和乡勇二百多人。

　　嘉庆五年（1800）正月，冉天元联合了“东乡白号”张子聪、“达州青号”赵麻花等，计一万余人，在四川定远县的“石盘沱凫水过河（嘉陵江），② 魏源：《圣武记》卷9《嘉庆川湖陕靖寇记二》。

　　① 道光《巴州志》卷10《杂记》。

　　② 《清中期五省白莲教起义资料》第二册第281 页。

　　① 魏源：《圣武记》卷9《嘉庆川湖陕靖寇记三》。

　　抢获船只后，占据龙女寺渡口，连夜过渡”，直接威胁着四川重镇——成都、重庆。

　　北镇总兵朱射斗赶到川西镇压。正月十九日，朱射斗“至高院场，直入贼营。贼四集云合，围数十里。官兵力斗，连发大炮。贼伏地而进，炮击不中。危甚。旁有小寨，尚未树栅，射斗且斗且上。围益厚，知不济，力斗，刃数十人而死，兵勇几尽。脱者跳踯人丛，驰百余里始免，盖亦不一二焉”②。

　　起义军在高院场战役中取得的胜利，打乱了清统治者的全盘战略部署，把四川起义军的反清斗争推向了一个新的高潮。

　　嘉庆五年二月，冉天元率领起义军经过剑州（今剑阁）、南部、盐亭等地进到江油县马蹄冈，三月与清军德楞泰、杨遇春等部激烈战斗。起义军战败，冉天元被俘后遇害。起义军余部分成两支，一支过潼江与北上陕甘的起义军会合，一支留在川西坚持反清斗争。

　　马蹄冈大战，是川楚陕农民大起义中一次最为激烈的大战役，如统治者所说：“贼自起逆以来，以此战为最”③，从此以后，起义军的力量逐渐削弱。总的趋势是：起义军“多分股数，牵缀官兵。兵至则四散潜藏，兵退则分投滋拢”。在清统治阶级制定的“剿贼之法，总系跟踪追剿”①，各个击破的战术之下，起义军的主要领袖如王廷诒、冷天禄、徐天德、高均德、李全、张汉朝、樊人杰、苟文明、高二等相继被俘或者牺牲。到嘉庆七年底，起义军只剩下齐国典、苟朝九、王世贵等小股队伍，在南、巴老林中坚持反清斗争。川楚陕农民大起义进入了最后的阶段，即嘉庆八年正月至嘉庆十年五月，主要是分散在南、巴老林中的各小股起义军坚持斗争及部分哗变的乡勇反清。

　　嘉庆七年（1802）十二月，清朝经略大臣额勒登保、参赞大臣德楞泰以及川、楚、陕、甘等省的总督、巡抚向嘉庆帝奏报“川陕楚剿捕逆匪，大功戡定”，嘉庆也准备“以三省邪匪悉平，论功行赏”②。就在清廷上下准备“共享升平之福”时，起义军余部却在南山、巴山老林中进行坚强不屈的斗争。他们或百余人为一起，或数十人为一起，“腾跳如猱，具悉官兵号令及老林径路，忽陕忽川，忽聚忽散，屡被围辄乘雾溜崖突窜，有中数矢犹力战者，分军遇之则不利，大队趋之则兔脱。仅余贼数百，而三省不得解严”③。为了消灭出没于老林的小股起义军，嘉庆帝令清军悍将杨遇春“前赴南山一带，将各要隘及江防严密防御，紧顾北面，毋令零匪一名逸入。所有陕② 《清中期五省白莲教起义资料》第二册第2—3页。

　　③ 石香村居士：《戡靖教匪述编》卷5。

　　① 《清仁宗实录》卷94。

　　② 《清仁宗实录》卷106。

　　③ 《清中期五省白莲教起义资料》第四册第499—500 页。

　　省南山隘口及江防，专交杨遇春堵御。其未尽零匪，专交德楞泰一手办竣，俾各专责成”④。起义军尽管处于极端艰难困苦的境地，犹出其不意地打击清军，取得了一些战绩。如嘉庆八年（1803）四月，清经略大臣的左翼长、“每战辄冠军”的穆克登布被起义军杀死即是一例。

　　嘉庆八年四月，齐林家族的重要成员齐国典在战斗中“跳崖跌毙”，清廷认为“从前未获凶渠”，至此“实无一名漏网”①，在大规模地“搜剿”老林之后，于七月宣布“彻底肃清”了起义军，并开始大量裁减乡勇。

　　由于乡勇也大多由破产贫困的农民、流民所组成，一被清政府解散，“得项较少”，“穷而无归，不免心生觖望”②，纷纷投入了起义军的余部，并在其中占了很大比重。有以一二百人为一支的起义队伍，“陈贼只三四十人，其余皆系乡勇”③。乡勇多是本地人，向随官兵行走，不惟道路险易皆所熟习，凡官兵进止情形无不尽悉，且有较为丰富的作战经验。他们利用奇袭、埋伏、化装为官兵等方法多次打败清军。但由于哗变的乡勇多是乌合之众，最后在清廷的收买、分化下瓦解。

　　嘉庆十年五月，在清军的残酷围剿之下，起义军的最后几个首领苟朝九、王世贵等相继壮烈牺牲。至此，一场轰轰烈烈的川楚陕农民大起义宣告结束了。

　　在“康乾盛世”末期爆发的、声势如此浩大的川楚陕农民大起义，在中国封建社会中是仅见的。正如魏源所指出的：“前代流寇皆发难末造，川壅必溃，未有蠢动于庞豫之余，劳师 武如今日者。”④这次大起义充分暴露了清统治阶级的弱点，沉重打击了他们的反动统治，成为清朝由盛而衰的转折点。

　　这次大起义虽然失败了，但是大大鼓舞了被压迫者反清的信心和斗志。

　　例如，距离白莲教大起义结束仅有八年的由林清、李文成领导的京畿和直鲁豫三省交界地区的天理教起义，就是在川楚陕农民大起义的鼓舞下爆发的，参加起义的人们将其称作“白莲教起手闹事”，“河南滑县白莲教造反”①。嘉庆以后的反清起义，与白莲教有着直接或间接关系的也不在少数，充分说明这次起义对后世有着较大的影响。