治平四年（1067）正月，英宗去世，神宗即位。三月，司马光除翰林学士。十月，《历代君臣事迹》成。因为这部书“鉴于往事，有资治道”，神宗赐名《资治通鉴》，并亲为制《序》，面授司马光，令候书成写入；又赐颍邸旧书2402 卷。神宗《序》说：..（司马）光之志以为周积衰，王室微，礼乐征伐自诸侯出，平王东迁，齐、楚、秦、晋始大，桓、文更霸，犹托尊王为辞以服天下；威烈王自陪臣命韩、赵、魏为诸侯，周虽未灭，王制尽矣。此亦古人述作造端立意之所由也。其所载明君、良臣，切摩治道，议论之精语，德刑之善制，天人相与之际，休咎庶证之原，威福盛衰之本，规模利害之效，良将之方略，循吏之条教，断之以邪正，要之于治忽，辞令渊厚之体，箴谏深切之义，良谓备矣。神宗即位后，司马光在《初除中丞上殿札子》中进一步发挥人君有“三德”的观点，说：“修身之要有三，曰仁，曰明，曰武。治国之要有三，曰官人，曰信赏，曰必罚。臣为谏官时，即以此六言献之仁宗，其后以献英宗，今以献陛下。平生力学所得，尽在是矣。”

　　同年十二月，司马光上所纂修《类编》45 卷。

　　英宗赵曙本为濮王之子，仁宗无嗣，死后以赵曙接位，是为英宗。治平① 《司马温公文集》卷2，《陈三德上殿札子》。

　　二年，诏崇奉生父濮王典礼。大臣中有主张英宗当称仁宗为皇考，生父为皇伯，持此意见的人是吕晦、吕大防、范纯仁等；有谓当称生父濮王为皇考，持此意见的人是欧阳修、韩琦等。朝中议论纷纷，史称“濮王议”。司马光主张当严名分，只能给濮王按照历来故事，“尊以高官大国，极其尊荣”。认为尊濮王为皇伯才合于万世法。这件事情波及朝野，司马光的言论反映出他的政治思想倾向。他特别强调保持等级名分的礼教秩序，是关系国家兴衰大事。

　　在边事上，司马光指斥生事的边臣，如延州指挥使高宜押伴，对西夏的使者傲慢无礼，司马光请加治高宜罪行。又如，赵滋在雄州专以猛悍治边，以对付契丹。司马光批评朝廷的政策，指出：“国家当戎夷附顺时，好与之计较末节，及其桀骜，又从而姑息之。近者西祸生于高宜，北祸起于赵滋；时方贤此二人，故边臣皆以生事为能，渐不可长。宜敕边吏，疆埸细故辄以矢刃相加者，罪之。”①他反对增加边地义勇的人数，认为这不是长久之计，特别是朝中诏刺陕西义勇20 万，用虚张声势的办法，使西夏震恐，认为这更不可能收到成效。司马光边事上的主张，受到辽、夏的尊重。“辽、夏使至，必问光起居”。据说司马光复出为相时，辽、夏敕其边吏：“中国相司马矣，毋轻生事，开边隙。”

　　退居西京，修史寓志神宗在位时期，从熙宁元年（1068）到元丰八年（1085），王安石全面推行新法，但最终在守旧势力的反对下，新法流产。司马光反对新法，在新法进入到高潮时，他退居洛阳。这位在野宰相，一面集中力量编修《资治通鉴》，一面在静观时局变化。

　　熙宁元年，司马光50 岁，任翰林学士兼侍读学士。熙宁四年，以端明殿学士出知永兴军，是年四月，判西京留司御史台，其后，居洛15 年，“自是绝口不论事”。实际上他何尝不论事，仍然有议论。熙宁七年，在所上《应诏言朝政阙失状》中，斥青苗、市易、免役、保甲等都是朝政的阙失，说自己身上的病一天比一天重，但是冒死也要进言。此其一。其二，专心修《资治通鉴》，在史论中，寄寓自己的政见。其三，与一批反对新法人士聚集洛阳，气味相投，相互唱和。

　　司马光在熙宁年间反对新法，总的信条是他在迩英殿进读时说的：“祖宗之法不可变。”

　　熙宁元年（1068）八月，司马光与王安石为争论理财，同进呈《郊赍札子》于延和殿。王安石认为，国用不足是未得善理财之人。司马光说：“善理财者，不过头会箕敛，以尽民财。”王安石说：“善理财者，不加赋而国用足。”司马光则认为“天地所生财物百货，止有此数，不在民则在官；不加赋而国用足，不过设法以阴夺民利，其害甚于加赋。”所以这不过是汉代桑弘羊欺汉武帝的言论。

　　熙宁二年，神宗以王安石为参知政事，实施变法。司马光在《上体要疏》中全面批评王安石，说：“臣恐所改者，未必胜于旧，而徒乱祖宗成法。考古则不合，适合则非宜。”熙宁三年，司马光又发出多封《与介甫书》，使① 《宋史》卷336《司马光传》。

　　王安石与司马光的辩论达到高潮。司马光对王安石的指责，就是王安石在复书中所说的：“重蒙君实指教，以为侵官生事，征利拒谏，以致天下怨谤。”王安石在《答司马谏议书》中说：“某则以为受命于人主，议法度而修之于朝廷，以授之于有司，不为侵官；举先王之政，以兴利除弊，不为生事；为天下理财，不为征利；辟邪说，难壬人，不为拒谏；至于怨谤之多，则固前知其如此也。”

　　司马光全面反对变法，从变法机构制置三司条例司，到推行新法的人选以及各种变法的措施，他都加以非难。在《奏弹王安石表》中说：“安石首倡邪术，欲生乱阶，违法易常，轻革朝典。学非言伪，王制所诛；非曰良臣，是为民贼而又牵合衰世。文饰奸言，徒有啬夫之辨谈，拒塞争臣之正论，加以朋党鳞集，亲旧星攒，或备近畿，或居重任，窥伺神器，专制福威，人心动摇，天下惊骇。”这已经超过正常争议的范围了。