王敦军至芜湖（今安徽省芜湖市），又上表列举了刁协的罪状。晋元帝见疏表，大怒说：“王敦竟敢犯上作乱，是可忍，孰不可忍！我将亲自率领六军，讨伐叛逆。有能杀王敦者，封五千户侯。”同时，命令刘隗、戴若思急速率兵回建康勤王助讨。

　　刘隗到建康时，百官列道迎接。他举止潇洒，神态自若，慷慨陈词，激励众志。他与刁协一同入宫见晋元帝，竭力主张诛杀留在建康的以王导为首的琅邪王氏。晋元帝未采纳这一建议。刘隗因此知道晋元帝在为自己留条退路，并无坚决平叛的决心，感到前景不妙，遂忐忑不安，面有惧色。

　　晋元帝首鼠两端，不敢坚决平叛的态度，以及不满于“以法御下”政策的门阀世族和受发奴客为兵之害的士庶对王敦的支持，使得王敦叛军进展神速，在没有遭到什么抵抗的情况下，兵锋直指建康。晋元帝虽仍口喊平叛，实际上却畏敌如虎。他一反疏远王导的态度，任命王导为前锋大都督，王导在军事上毫无建树，致使建康城的守卫形势岌岌可危。晋元帝无奈，派琅邪王廙带旨劝说王敦止兵，但王廙一去不返，投弃了王敦。晋元帝又任用阴险好利的大族名士周札为右将军，都督石头城诸军事，戍守建康门户石头城。而力主平叛的刁协、刘隗，却没有在平叛中受到重用。世族头面人物周f 被任命为尚书左仆射，实际上是剥夺了尚书令刁协的实权；而刘隗也只能戍守位于建康外围的丹杨江乘蒲上的金城，作为外援而已。

　　王敦因此气焰嚣张，进兵不止，很快就兵临建康城下。他打算先攻金城，消灭刘隗，以解心头之恨。部将杜弘劝他说：“刘隗养了许多敢死士兵，所以金城不容易攻克。不如先攻石头城。石头城守将周札为人苛刻，士兵都不愿为其效力，攻城必胜无疑。周札兵败则刘隗必然不攻自溃。”王敦言听计从，以杜弘为前锋，进攻石头城。周札未加抵抗就打开石头城门，投降了王敦。

　　石头城既陷，建康城危在旦夕。晋元帝命令刁协、刘隗等人率众反攻，企图夺回石头城，以挽救败局。刁协、刘隗攻城不下，反被王敦所败。王敦乘胜进入建康城内。这时，建康城内一片混乱，叛军四出劫掠烧杀，无恶不做，宫省内百官公卿惊恐万状，奔逃一空。晋元帝见大势已去，决定放弃抵抗。他脱去了戎衣，改穿朝服，对左右随从说：“王敦想要取我代之，早明说就是了，何必要如此残害百姓！”又派使者对王敦说：“你如果仍忠于朝廷，就息兵停战，天下尚可以维持安定；如不是这样，朕将仍回琅邪国为王，给你让出皇位。”

　　在这种情况下，刘隗、刁协亦无回天之力。他们败退到台城，在太极殿东侧的阶下见到了晋元帝。元帝拉着刘隗、刁协两人的手，流泪呜咽，不胜悲伤，并劝他们立即逃离建康，以避杀身之祸。刁协说：“臣应当以死节事君，故不敢有贰心而出逃。”元帝说：“现在事逼无奈，不走怎么可以呢？”遂令人给刘隗、刁协人马，让他们自寻生路。刘隗、刁协与晋元帝挥泪告别。刘隗行至淮阴，为戍守此地的刘遐所袭击，不得不带着妻子、子女和亲信二百多人投奔后赵的石勒。石勒以刘隗为从事中郎，太子太傅。成帝咸和八年（333），刘隗随从石虎征前赵，战死于潼关，终年六十一岁。刁协因年老体弱，出逃后不能骑马，行动迟缓，加上他向来对下属毫无恩惠，同行的左右都与之离心离德，故行至江乘（今南京东北二十公里处）时，刁协被人诛杀，首级送至王敦。王敦允许刁氏家属为刁协收尸埋葬。晋元帝听到刁协身死未免的消息，十分悲痛，秘密下令，逮捕并诛杀了送刁协首级的人。

　　为刁协平反引起的争议晋明帝太宁二年（324），王敦之乱被平定。与王敦有矛盾而被其诛杀的世族头面人物，如谯王承、甘卓、戴若思、周f 、虞望、郭璞、王承等人，东晋王朝都予以平反昭雪，被以显赠。甚至曾为王敦开城门投降的周札（被王敦在太宁二年所杀），也在王导的坚持下，按“以身许国”的功名赠以卫尉。而在当时“不与刘石通”的情况下，刘隗投奔石勒，显然属于投敌叛国，大逆不道，所以王敦虽平，刘隗仍不得归国。至于刁协，因素来与当权的王导等人有矛盾，也以出奔不尽臣节的罪名，不在平反之列。至成帝咸康年间（335—342），刁协的儿子刁彝上疏，为其父鸣不平。朝议时，在位权贵多认为晋明帝时褒贬已定，不宜再予以更改；而且刁协不能守臣道死身事君，在出逃后遇害，所以不能恢复其官爵。丹杨尹殷融持有异议，他认为：“王敦是十恶不赦的叛臣，罪不容诛。因此，与王敦势不两立的刁协之善亦不容赏。如果认为刁协的忠君是出于一己之私利，出谋划策又常有失算，并以此对刁协横加指责，不过是出于偏见而已。现在，把叛臣王敦所行的诛杀确定为国刑，将如何能达到劝善沮恶的目的！在王敦目无君主，专权擅政时，刁协挺身而出，是为了国家而非个人。过去楚国的孔宁、仪行父追随昏君，干了不少坏事，而楚国仍恢复了其官位，就是因为他们是君主的亲信，况且刁协与晋元帝之间还是忠义的关系！刁协又是中兴四佐之一，位于群臣之首。至于出走，是因为势穷计屈，奉命而行，并非为了逃避刑罚，所以宜予以显赠，以明忠义。”

　　当时庾冰辅政，对殷融的建议迟疑而不能决。左光禄大夫蔡谟又写信给庾冰，为刁协申理，信的大意是：“刁协是中兴功臣，死于王敦之乱。天下不知道他有什么罪过，却只看到他被贬黜，致使其儿子称冤喊屈。这只能使亲者痛，仇者快，沮丧忠臣之节，使天下生惑，为王敦之党报仇。刁协功大于过，与过去楚国的佞幸小人孔宁、仪行父不可同日而语，所以宜追加显赠。我听说有人认为明帝时刁协已被废黜，现在不宜再予以纠正。我以为不然。刁协不是在明帝时被诛，而只是未加赠而已。至于明帝时加赠的周f 、戴若思，都不是王敦檄文所欲诛讨者，在叛乱得逞后才被杀害；周f 、郭璞等人也不是在为君主御难时被杀，却都加以褒赠。与此相比，刁协忠义为重是显而易见的。我又听说下面的人多认为应该给刁协加赠。刁协为什么会得到众人的同情和支持呢？如果说以宽柔得人心，则刁协为人粗旷，积怨甚多；如果说以富贵得人心，则刁氏今日已成贫贱寒门。其原因就在于事不公允。希望足下深思。”