王郎盘踞邯郸后，刘秀率领部众自蓟城（今北京市）昼夜奔驰南下，到达饶阳（今河北饶阳东北）所属无萋亭时已经深夜，正值天气严寒，大家都感到饥饿和疲劳，冯异急忙煮好豆粥供应。次日，刘秀对诸将说：“昨得公孙豆粥，饥寒俱解。”继续南行到南宫（今河北南宫西北），遇大风雨，刘秀率领随从避雨道旁空舍中，冯异又亲自煮麦饭为之充饥，在艰难中扈从刘秀，一路上辛勤备至。刘秀入据信都（今河北冀县）后，命冯异至河间（今河北献县一带）收兵，授偏将军，在击破王郎和镇压农民军的历次战役中屡立战功，封应侯，为诸将中最先封侯者。

　　离间敌方刘秀攻占河北后，更始政权以洛阳为关东重镇，派遣舞阴王李轶、廪丘王田立、大司马朱鲔、白虎公陈侨与河南太守武勃率三十万大军镇洛阳。刘秀为巩固其在河北地区的统治，自率大军回师河北，扫荡农民军余部，以河内魏郡未经战乱，人口众多，仓廪充实，不仅为军粮、兵源基地；而且邻近洛阳，亦为战略要地，乃以寇恂为河内太守，冯异为孟津将军，统率河内、魏郡二郡驻军，共同抗御朱鲔、李轶等。冯异探知朱鲔、李轶等不和，为了分化瓦解，致书李轶晓以祸福，指出刘玄政权已危在旦夕，而刘秀势力则蒸① 本节主要取材于《后汉书·冯异传》，凡引此传文字不另加注。

　　① 《后汉书·冯异传》注：《东观汉记》及《续汉书》“段并作殷”。

　　蒸日上，劝其“觉悟成败，亟定大计”。先是李轶曾与刘縯、刘秀兄弟同谋起兵，情谊深厚，后来他依附刘玄，曾参与杀害刘縯之事，故虽知长安已危，欲降又“不自安”。在答冯异书中表示，愿同冯异交好，希望通过他能和刘秀恢复旧好，为自己留一条归降的退路。所以他自从通书后，不再与冯异“争先锋”。

　　冯异利用这个时机，北攻天井关（太行山关隘，今山西晋城县南），攻取上党郡两城，又南下攻取河南成皋（今河南巩县东）以东十三县，这些地区豪强割据的屯聚也都一一平定，归降者十余万人。更始政权洛阳太守武勃乃率兵万余人讨伐归降者，冯异率军渡河救援，与武勃大战于士乡（在今河南洛阳市东），大破之，斩武勃。李轶对武勃“闭门不救”。

　　冯异见分化瓦解策略已经奏效，乃上奏刘秀。刘秀为进一步激化李轶、朱鲔间的矛盾，故意泄漏李轶与冯异通书信的内容，朱鲔闻知大怒，派人刺杀李轶；并派讨难将军苏茂将兵数万人渡河进攻温县（今河南温县西），同时他自己也率兵数万人进攻洛阳西北的平阴（属河南郡，今河南孟津县北），以牵制冯异。冯异与寇恂先合兵击破苏茂，然后冯异所部渡河攻朱鲔，朱鲔逃归洛阳，冯异军直追至洛阳城下，围城一周而归。在这次战役中，冯异先用离间计，乘机攻克了不少县城，后来又与寇恂密切配合，大败洛阳更始军队，不仅保住了河内，而且扩大战果，攻下洛阳周围各地，使洛阳之敌成为釜底游鱼，更始政权在关东势力几乎一扫而光。所以这是刘秀在河北独树一帜后和更始政权在争夺关东地区中一次带有决定性意义的大捷。冯异同寇恂在这次战役中立下了大功。

　　劝刘秀称帝捷报传到河北，诸将纷纷到刘秀府庆贺，并劝他即位称帝。刘秀乃遣使令冯异来鄗邑计议。冯异劝刘秀“宜从众议，上为社稷，下为百姓。”刘秀告诉他：昨夜梦乘赤龙上天，醒后，心中动悸不安。冯异说，这是天命所示。遂与诸将定议上尊号。刘秀所以不远千里宣召冯异，一来是因为冯异是拥戴他最得力的亲信；二来是因为冯异在广大将士中有很高的威望，他的建议能使众人信服。

　　平定关中建武二年（公元26 年），大封功臣，更封冯异为阳夏侯。这时关中遍地饥荒，原来盘踞汉中地区（今陕南）的延岑出兵侵扰长安以西各地，各郡县豪强地主纷纷拥兵自守，赤眉军因给养困难，将士多欲东归。光武以邓禹经营关中日久无功，乃以冯异代邓禹率兵入关，主持关陇地区军事。光武亲自送至河南，赐以七尺宝剑，告诫他说：“今之征伐，非必略地屠城，要在平定安集之耳。诸将非不健斗，然好虏掠。卿本能御吏士，愿自修敕，无为郡县所苦。”冯异受命西行，布施威信，一路投顺者众。

　　当时正值赤眉军自长安东归，与冯异部汉军相遇于华阴，两军相持六十余日。建武三年（公元27 年）春，光武派遣使者任命冯异为征西大将军。这时，大司徒邓禹奉诏率车骑将军邓弘等引兵东归，亦到达华阴，他们要求与冯异合兵进攻赤眉军。冯异认为，现在光武帝“使诸将屯渑池要其东，而异击其西，一举取之，此万成计也”。邓禹、邓弘不听。邓弘领兵攻赤眉，被赤眉军击溃，冯异不得已只好同邓禹一起率兵前往救援，赤眉军稍稍向后退却。冯异劝邓禹暂且收兵，邓禹贪功追击，被赤眉军挥戈反击，打得大败，士卒死伤逃散，溃不成军，邓禹逃奔宜阳。冯异与麾下数人弃马步行，走上回溪阪（今河南渑池县南），收集溃卒并纠集附近地主武装数万人，整军复战，先以精兵伏道旁，令其身着赤眉军服装，假扮赤眉军，然后纵兵会战，俟赤眉军疲劳时，伏兵尽起，赤眉军不别真假，惊惶失措，大败于崤底（今河南渑池县西南），余众十余万东奔宜阳，陷入重围之中，被迫投降。于是，光武赐书褒奖冯异，称其“始虽垂翅回溪，终能奋翼渑池”，令其入关平定关中。

　　当时关中各地群雄割据，豪强地主武装分据各郡县，从汉中北上的延岑自称武安王，纠集一部分地主武装围攻冯异，异纵兵反击，大破之，延岑经武关（今陕豫边境）逃窜南阳，其余豪强势力亦陆续投降。经过三年时间，终于取得了平定关中的胜利。当时有人上书言冯异专制关中，百姓归心；异亦以在外久，不自安，请求解职还朝。光武乃派使者以上告奏书令冯异观看，并亲自召见，商议进取巴蜀之策，临行赐以珍宝、衣服、钱帛，令其妻子相随入关，以示不疑；命其率领大军与诸将共同攻取割据天水、陇西两郡（今甘肃东南部）的隗嚣。