正象炽热的柴火消灭了塞维特斯的声音，现在卡斯特利奥的声音被审查制度消灭了。恐怖再次维护了“权威”。卡斯特利奥被缴械，他不能再写作了。不，更糟的是，他被剥夺了为自己辩护的权利。他那胜利的敌手以加倍的愤怒予以回击，却不允许他还手。几乎过了一个世纪，《答加尔文书》才得以出版。卡斯特利奥在这本小册子里以预言式的口气说：“为什么你把己所不欲的施诸于人呢？我们争论的是宗教事务，然而，你为什么要压制你对手的言论自由呢？”

面对恐怖政治而无处申诉。在沮丧和无可奈何之中，卡斯特利奥不得不屈服。在那武力压制理智的时代，被压迫者聊以自慰的是对胜利者的征服表示无限的蔑视。“你们的言词和你们的武器，只不过是从过去的专制统治那里捡来的破烂货。它们只能给你一个暂时的统治，但决非是精神上的。这一统治的基础是高压而不是对上帝的爱。我不羡慕你们的权力和你们的武器。我有其他的权力和武器——坚定纯正的信念：坚信上帝会帮助我，赐予我恩典。即使在一段时期里，真理被当时眼花缭乱的‘公正’所压倒，但没有人能够永远压倒真理。让我们不要对那杀害基督的尘世审判注意吧，让我无视那些只使暴力事业胜利的法令吧。上帝的天国决不在这世界上。”

恐怖再次占了上风。每况愈下，加尔文的世俗权力因他的罪恶而确实加强了。在历史的编年上，要寻找故事里诗一般的公正是徒劳的。我们不得不适应这一现实：历史乃是万神殿的反映，它的活动既非道德又非不道德。它既不惩恶又不报善。因为它不是根据正义而是根据力量。它总是把胜利分配给有权势者，任其肆无忌惮、为所欲为。一般说来，在世俗事务上它总是替为非作歹者撑腰。

加尔文虽然被人攻击为冷酷无情，但他很明白只有一件事能救他，那就是更无情地使用武力。在历史上我们一再发现规律的运用：无论谁诉诸武力一定得干到底；无论谁建立了一个恐怖统治一定得无所不用其极。无论是在审判塞维特斯时或是以后，对加尔文反抗只会使他更加坚信，作为握有全权的统治者，残暴地镇压、无休止地恫吓敌手、无情地扑灭任何反抗，是巩固极权主义权力的唯一方法。从一开始，加尔文就热中于控制共和主义少数派的投票而使日内瓦市行政会陷于瘫痪。在该团体逐次开会席位中，那些在物质上和道义上都依靠加尔文的来自法国避难的新教教徒，都被批准给予日内瓦公民权，从而有投票权。于是市行政会就按照加尔文的意见行事。他的信徒塞满了公职的位置。共和派的影响逐渐被暗中破坏掉。虽然，老派的日内瓦爱国人士，即那些曾经为日内瓦的自由流过血的民主派人，很快就觉察到那些外国人是有组织地推荐上的，但他们的不安为时已晚了。他们秘密集会讨论，怎样从清教徒的控制下挽救那残存的最后的一点独立。公众的情绪越来越紧张。本地人和外来移民之间频繁在街头吵架。虽然造成的伤害并不严重，只有两人被石子击伤。

加尔文可只等待有一个借口。他现在能够进行一次蓄谋已久的政变了。这些小口角被扩大为一个“可怕的阴谋”，据说“只是由于上帝的恩惠”它才得以挫败。独裁者的镇压一次接一次。共和派的头头被逮捕（其实他们跟闹事全然无关）、被逼供、直到独裁者取得了他所需的证据。“证据”表明，他的反对派正计划一次大屠杀，加尔文和他的支持者们将被杀害，而外国军队将进入该城。这一所谓阴谋的“坦白交待书”是用残暴的酷刑逼供取得的。“通敌、既已“证实”，刽子手就可以动手了，所有（即使在极细微的事上）反对加尔文的人都要被处死。只有那些逃出日内瓦的人才能幸免。当“正义”完成时，全城留下的唯一政党是加尔文的私党。

清洗了日内瓦的持不同政见者之后，加尔文该高枕无忧因而宽宏大量了吧。但是自从修昔的底斯、色诺芬、波卢塔克以来，所有历史和传记的读者们都知道，胜利的政治寡头们势必更加严酷。专制暴君永恒的悲剧在于：他们必须继续不断地吓唬有独立思想的人们，甚至在敌手已被解除武装和剥夺了言论之后也如此。如果一个被压垮了的敌手一声不吭，但仍拒绝厕身于暴君的佞幸和奴才之列，那么，此人的继续存在就成为一个烦恼的来源。现在加尔文已除掉了他所有的政敌，只剩下了一个人。那神权执行者的仇恨，就激化集中于这一人。这人就是塞巴斯蒂安·卡斯特利奥。

但是要对卡斯特利奥发动一次有效的猛攻也非易事。除非引诱他打破那谨慎的沉默而开口。卡斯特利奥厌倦公开争吵。伊拉兹马斯型的人道主义者很少是持久的斗士。党徒们不断地围猎叛教者，他们的惯伎对人道主义者来说，不过是不齿于学者的卑鄙行为。在表明了真理之后，人道主义者认为再反复表示抗议就是多余的了。他们很少是宣传家。在塞维特斯案件中，卡斯特利奥已畅所欲言。他尽其可能地为纪念那西班牙的烈士辩护，他对用暴力压制道德的谴责比同时代的其他人更为有力。但是时机对他不利，他肯定看到暴力仍将无限期地掌权。因此他决定等待，直到在得到较有利的赞助时，重新开展宽容和不宽容之间的斗争。他虽失望但百折不回，于是又回到学术研究上去。巴塞尔大学最后任命他为教授，他几乎完成了他认为一生中最重要的工作——将《圣经》翻译成拉丁文和法文。在一五五五年和一五五六年，他没有撰写过论战文章。