但是，如果说这些同样信仰的人，除该死的、懦怯的赞美之外，什么也没有干的话，那么他们自己却很快地就听到了敌对的声音。当时最杰出的法理学家弗朗修斯·鲍德温明确表示了意见：“我认为，加尔文没有权利对宗教教条的论点开创刑事执行的先例。”不光是全欧洲的自由思想的人道主义者们表示了他们的义愤，许多新教的教士们同样表示了不赞成。受伯尔尼霸主保护因而免受加尔文奴役的沃州的教士在距日内瓦仅一小时步行之遥的布道台上宣称，加尔文对塞维特斯的处理是违反宗教原则和违法的。在日内瓦城中，加尔文不得不求助于警察去压制批评。一个妇女因公开宣称塞维特斯是为耶稣基督而牺牲的烈士被监禁；还有一个印刷商人说城市当局是按照一个人的意志和意愿判决塞维特斯的，他因此也被投入监狱。有几个著名的外籍学者干脆愤然离去，他们迅速退出一个在那儿他们不复有安全之感的城市。因为专制政治已经建立，威胁了自由的思想。加尔文立即被迫认识塞维特斯的殉难，对独裁统治来说，比那西班牙学者的生命和著作更为危险。

加尔文对任何矛盾都十分敏感。在加尔文的统治下，日内瓦人虽十分谨慎行事，但抱怨之声仍通过钥匙孔和紧闭的窗中传出，独裁者认识到他的自由市子民已很难再抑制他们的愤怒了。木已成舟，全能的上帝本人也无法挽回。既然无法逃避他所作所为的后果，加尔文最好还是勇敢地站出来对付这件事并宣扬他的责任。加尔文只好违背本意，把一开始是振奋的攻势，使人难以觉察地转入守势。朋友们全部确信，由于塞维特斯已经付之于火焰了，对加尔文说来，应该为“由于信仰而行动”寻找言之成理的证据。因此，加尔文硬着头皮，下决心用塞维特斯事件来“开导”世界，他为杀死了那异端而写了一份辩护书。

但是在塞维特斯事件中，加尔文有一个不自在的良心。一个人有了不自在的良心，虽然他会试图掩盖疑点，也只能写一些蹩脚的材料，因此，他的辩护书题为《保卫三位一体的真正信仰反对塞维特斯可怕的错误》就很自然了。诚如卡斯特利奥所说，这本书是当独裁者的“双手还滴着塞维特斯的鲜血”时写出的，是他所有的著作中最软弱无力的一本。加尔文自己也承认，他写此书时“处在混乱之中”——也就是说是十分神经质地仓促草就的。他这样被迫地采取守势，说明他自觉自己的地位很没有把握，下面这件事就说明了这一点：他召集日内瓦所有的教士，象他自己一样在这份宣言上签名，这样，其它的人就可以分担些责任。他觉得被当作是杀害塞维特斯的唆使者很不是滋味，结果是两种相反的倾向被拙劣地揉合在那份宣言之中。一方面，加尔文慑于普遍的不满，希望把责任推倭给“当局”；而在另一方面，他要证明市行政会完全有权消灭象西班牙人那样的“魔鬼”。加尔文以最温文尔雅的面目出现，根深蒂固地反对任何暴力，辩护书的字里行间充满了对天主教宗教法庭残酷的抱怨。那法庭判决了许多真正的信徒们，不给他们为自己辩护的机会，接着用最野蛮的方法处决了他们（后来卡斯特利奥质问他：“你怎么样？你指定了谁为塞维特斯辩护呢？”）。他接下来的言论使读者愕然，他告诉他们说，他曾私下尽其最大努力使塞维特斯心情愉快（“我曾经在私底下不断地尽我的一切可能使他的感情升华得更高尚。”）他宣称说，事实上正是市行政会不理睬他要宽大的念头，坚持死刑而且坚持一个如此残酷的死刑。但所谓的加尔文为塞维特斯、杀人者为他的受害者所进行的所谓的努力竟“如此的秘密”，以致于没有一个人会相信这样一个纯属虚构的传奇。卡斯特利奥轻蔑地列举了事实。“第一，你的‘告诫’除骂人外就什么都不是；第二，你把塞维特斯投入监狱，那西班牙人直到走向火刑柱被活活烧死之前没有离开过。”

就这样，加尔文用一只手洗刷掉塞维特斯遇害的个人责任，用另一只手制造了他所能制造的最好的证明以开脱“当局”的罪责。象通常一样，当他不得不为镇压辩护时，他就振振有词了。加尔文如此争辩说——允许每个人畅所欲言，最为不智，因为伊壁鸠鲁的信徒、无神论者和蔑视上帝者会感到由衷的高兴。只能宣告真正的（即日内瓦）的教条，不能宣告其它的教条。这样的审查制度并不意味着限制自由（不宽容的暴君往往就是这样千第一律地求助于逻辑上的谬论）。“这不是想缚住教会的手脚，而是想阻止那些居心不良的作家公开地撒播他们心里的想法。”那些言论自由受到限制，不让他们发表同独裁者不一致意见的人们，是不会屈服于任何高伍统治的，即使我们相信加尔文和他的应声虫的话也罢。他们受到了应得的待遇，树立榜样是“为了对上帝更大的崇拜”。

加尔文不得不为自己的弱点——对异端的镇压辩护，这样的行为是新教教会很久以前就从天主教教会那里抄袭过来的。争论问题的核心在于：究竟掌握实权的人是否有权杀掉持有不同观点的人。在塞维特斯事件中，加尔文从一开始就坚持这一权力，他现在要干的就是为他的行动辩护。他自然而然地到《圣经》里去寻找证明。他竭力表明自己是根据“更高的委托”的条款办事、服从于“神圣的命令”的。这所谓的更高的委托、神圣的命令使得他要把塞维特斯从这个世界上消灭掉。可是他在《圣经》中找不到今人心服的例子，因为《圣经》没有系统地阐述过“异端”的概念，只涉及“渎神”。而现在，在火焰之中，塞维特斯仍继续呼喊着耶稣的名字，那肯定他从来不是一个无神话者。加尔文总是急于引证《圣经》中任何可能为他的行动服务的章节，宣称连根除掉所有颠覆当局（即他自己）意见的人是“当局”应担负的“神圣的责任”。“正象一个人，当上帝的教堂遭到玷污，或者当他的追随者背叛上帝时，他如果不拔剑相向，就该受到责备。如果一位红衣主教竞如此胆怯：当恶行加于宗教时，他闭上双眼，这是何等糟糕啊！”当局的手中拿着剑，他们很可能“为了上帝的荣誉”而使用这把剑。因为，以“虔诚的信徒”的名义所采取的行动早就证明是正当的。要保卫正统的宗教，保卫真正的信仰，人与人之间的血亲关系，以及支配着人类的仁慈只能随之完结。当撒旦驱使人们抛弃“真”的宗教时，你就必须消灭他们，即使他们是你最亲密的追随者也罢。（我们读时为之发抖）“假如人们不喜欢上帝为人类在各方面作出的好事，人们就一点都不把光荣——这份光荣唯上帝当之无愧——归诸于他。当人们为自己的光荣去搏斗时，他就毫不顾及亲戚关系、血缘关系、生命问题，他把一切人道、人情味儿都忘得一千二净。”加尔文直截了当地告诉我们，为了教义（他的教义），他只把那些镇压“一切与人有关的”人认为是虔诚的，这就是说，他要镇压每一种人道主义的思想。在这里，我们得到了一个可怕然而悲剧性的极端论证：一个在其它方面头脑十分清晰的思想家和渊博的宗教家会因狂热和盲目而走得多远。一旦他的朋友、兄弟和血亲在教义的最枝节问题上持有不同于新教宗教法庭的意见的时候，他会心甘情愿地把他们交给罗马天主教的宗教法庭，加尔文唯恐其它人会否定如此野蛮的斗争，就求助于他最后的和最喜爱的手段：恐怖。他宣称，任何人，不管是为一个异端辩护或被控告为一个异端，它本身就犯了异端罪，应予惩罚。因为加尔文不能容忍相反的意见，他提出要恐吓那些可能转而反对他的人，用塞维特斯的下场去威胁那些罪人。如果他们不能钳口结舌，就送他们上火刑柱。加尔文希望一劳永逸地从杀害塞维特斯这个伤脑筋的问题中脱身出来。这件事必须结束。