加尔文在日内瓦的朋友们，和他的敌人们一样，很快就认识到塞维特斯案件只不过是独裁者权力的一项试验。因此，自然而然地，朋友们和敌人们一样，尽他们一切可能阻止加尔文那样做。对那些敌对的政治家团体来说，那不幸的塞维特斯只不过是一个工具，一根可用作使那专制暴君坐不稳的橇棒。他们绝不会关心这根橇棒是否会断在他们的手里。那些塞维特斯最好的朋友们，帮了他们的被保护人的倒忙，因为他们所散布的那些不实的消息，只能使塞维特斯更加歇斯底里地得意。他们给犯人的秘密信件力劝后者要加强抵抗，那只能造成灾难。能使他们感兴趣的一切不外乎是尽可能使审讯轰动。塞维特斯越是为自己辩护，越是猛烈地攻击加尔文，就越好。

呜呼！实在没有必要去刺激塞维特斯，使他掉以轻心到无以复加的地步。长期苦难的牢狱生活，使得这个本来就容易陷于神经过敏狂的人变得更加怒不可遏了。因为加尔文必然知道，塞维特斯已受到特别恶劣的待遇。几周以来，虽然塞维特斯自认为是无罪的，但他好象是一个定了罪的杀人犯那样，被关在一个寒冷潮湿的地牢里，手脚都上镣铐。他那褴褛不堪的衣服挂在他冻僵了的身子上，连衬衣都不给换。不考虑最基本的卫生要求。没有一个人会给他最低限度的帮助。在极端的窘困中，塞维特斯上书市行政会吁请较人道的待遇，他写道：“跳蚤正在吞噬我；我的鞋子破成碎片；我身上穿的全脏得要命。”

当市行政会打算改善塞维特斯的待遇时，一只秘密的手（我们只能猜测有人施加了压力）出面干预了。其结果，是让这位勇敢的思想家和具独立思想的学者，象一条蹲在粪堆上等死的癫皮狗那样，望眼欲穿地关在地牢里。在几星期之后发出的第二封信里，这个囚犯发出了更悲惨的哀号，他不加夸张他说，他快要在自己的粪便上闷死了。“我恳求你们，为了基督的爱，不要拒绝给我你们愿意给予突厥人或罪犯那样的待遇。你们下令说会让我保持干净，但是却毫无动静。我的情况比前更可怜了。我没有可能料理我身体的需要，实在是一种极端的残酷。”

但依然什么都没有“发生！当塞维特斯再次被从肮脏的洞穴里提到法庭上时，我们还会对他的勃然大怒感到惊奇吗？他被上了镣铐，恶臭的破衣满是泥污，但却勇敢地面对着法庭审判席上他主要的敌人；面对着穿着整洁的黑袍，无耻而冷酷，经过彻底休息，充分做好投入这场紧张搏斗的加尔文；面对着要同他思想对思想、学者对学者地进行讨论的加尔文；面对着辱骂塞维待斯是一个罪犯和一个暗杀者的加尔文。加尔文用最下流和最恶毒的问题，甚至用和性生活有关的纯属私人事务来嘲弄塞维特斯；后者，由于愤怒和备受折磨而无法再克制自己，他用痛骂回答那残暴的审问，粗暴地责骂那控告他的人，这难道是可避免的吗？连夜的不眠已使塞维特斯疲劳得无法忍受。而现在，害得他受这许多非人待遇的人，就得聆听他的一顿痛骂了。

“你能否认你是一个暗杀者吗？我要用你的行动来证明这一点。至于我自己，我是不怕死的。你象一个瞎子那样在荒野里呼叫，因为复仇的欲望在焚烧你的心。你继续不断他说谎，你是一个愚蠢的诽谤者。您怒火中烧，要把人逼死。只有把你全部巫术留在你娘胎里，我才有可能列举你的错误。”

在愤怒之中，可怜的塞维特斯忘了他自己地位的无力。他铁链锒铛，满嘴泡沫。他要求市行政会的法官们不要定他的罪，而把加尔文，那日内瓦的独裁者，判为破坏法律的罪。

“象他这样的巫师，你们不但应该揭发他的罪行，定他的罪，而且应把他从你们的城市里放逐出去，他的财产应赔偿给我，由于他的缘故，我蒙受了损失。”

那些可尊敬的委员们听到这样的话、遇到这样的场面不用说是吓得毛发悚然了；因为这一清癯、苍白、憔悴、胡须紊乱、目光炯炯，操着法国话的人对他们的基督教的领袖进行恶毒的诽谤。他们只好把他当作一个着了魔的人，一个受撒旦驱使的人。他们越听对塞维待斯越不利。审讯实际上已经结束，剩下来只是定被告的罪了。但是加尔文私下的那些敌人想把这案件拖下去，仍然尽其最大的努力，禠夺独裁者的胜利，而把他的敌手定罪。他们再次尽一切可能营救塞维特斯。象波尔塞克案一样，他们这次又去征求瑞士其它宗教改革会议的意见。在私下，他们希望这一次他们也能把加尔文教条主义的受害者从那狂热者的魔爪中救出来。

可是加尔文深知他的权威已受到动摇，很可能会倒台，对他来说，最主要的是避免受第二次挫折。他采取了相应措施，趁他的受害者还蹲在狱中受难，就派遣一个又一个的使者到苏黎世、巴塞尔、伯尼尔、沙夫豪森的宗教会议，对这些团体的意见施加影响。信使很快地到了界内各处，动员支持者们，告诫他们的同事们不要帮助如此邪恶的读罪者逃脱审判。由于塞维特斯是一个众所周知的神学秩序的破坏者，又由于自兹温格里和布塞的时代起，这“无礼的西班牙人”就被欧洲的新教徒所憎恨，这就使得加尔文的阴谋容易得逞了。结果，瑞士的宗教会议一致宣布塞维特斯的观点是错误和邪恶的。但即使如此，四个宗教团体中没有一个直率地要求，甚至赞同处以极刑的，他们不过在原则上认可任何可能采取的严厉处分。

苏黎世方面的来信说：“这个人将受到怎样的惩罚，全由你们明断。”伯尔尼回答说，日内瓦的法官应“借用智慧和力量的精神”，这样就能更好地为自己的以及瑞士其它的教会负责，使他们从“这一灾祸”中完全解救出来。而提到是否要用暴力处理此事时，回信用较软的口气告诫说：“我们相信，你们决定采取的行动，将无悖于基督教市行政当局之所为。”加尔文与之磋商的，竟没有一个敢于公开主张通过死刑判决的。但是，由于那些教会批准对塞维特斯进行法律诉讼，加尔文认为他们也会批准那不可避免的结局。因为，正是由于他们装模作样，模棱两可，他们才给加尔文一个为所欲为的机会，而一旦他能为所欲为时，他就要坚决地、冷酷无情地打击。现在，当各处宗教会议的意见送来之后，那些要想秘密地帮助塞维特斯的人们，徒劳无功地在最后阶段仍进行努力，试图阻止定罪。佩林和其它一些共和主义者向最高当局二百人的委员会提出呼吁。但为时已太晚了，甚至加尔文的对手也认为再对抗下去是危险的。十月二十六日，作为高等刑事法庭的小市行政会以多数票判处塞维特斯活活烧死，这残酷的判决第二天在查佩尔高台上执行。